貨代軟件從最初的制單功能逐步發展為單證綜合管理及多功能輸出（打印、傳真、email、MSN、存為文件、批量輸出）、貨物狀態管理、收付費用管理、結算管理、發票管理、帳務管理等；從輸出最基本的數據統計報表到數據圖形化報表、智能報表、輔助決策分析等；從業務管理發展到行政管理（OA）、客戶服務(EB)等功能。貨代軟件集成的功能越來越多，模塊功能越來越細。這也提高了貨代軟件供應商的進入門檻。成熟的貨代軟件供應商所提供的貨代軟件業務流程順暢、功能細、人性化。

由于貨代公司逐步朝著集團化方向發展，所以對軟件提出了數據集中和分布管理的要求。即要求數據集中在同一服務器來存儲有要求各個分公司可以獨立管理數據，當然這樣對服務器和帶寬的要求也比較高。另外網絡化還體現在一些數據是可以隨時在互聯網上查詢的到，這樣方便公司管理人員或者人員出差時候對數據的管理。隨著SaaS模式的出現以及國內高昂的帶寬成本、政府及微軟反盜版決心的增強，SaaS模式的貨代軟件會成為中小企業的一個最佳選擇。

貨代軟件逐步由以往的單一解決企業內部業務轉向整個物流供應鏈條各環節的信息交互，建立行業社區環境。如，與廠外貿公司、外貿工廠、船公司、航空公司、保險、銀行、車隊、報關行，貨代同行、倉儲公司等的信息互動。同時，貨代軟件廠商試圖打破原來的各個軟件廠商之間數據不能交互的局面，成立軟件聯盟，通過整合，建立統一的數據接口，保證聯盟內的軟件用戶能實現數據對接，從而誕生新的服務，如數據物流。目前，奧林科技旗下的大掌柜產品首先在國內發起這方面的倡議，改變以往貨代軟件企業之間有你沒有的競爭局面，成立數據交互中心，方便使用不同貨代軟件的貨代企業間進行業務協同，進行在線交易，實現跨地區、跨應用平臺的電子商務通道，并向客戶提供在線交易、金融物流等增值服務，各軟件企業之間進行相應的利益分配，從而建立良性的物流信息化生態環境。